Kad je osnovana 1997. godine, Varaždinska biskupija sastojala se od 97 župa i 9 dekanata. U prvih pet godina postojanja biskupije zbog ukazanih pastoralnih potreba varaždinski biskup dekretom je osnovao nove župe i dekanate. Godine 1999. velika franjevačka župa sv. Nikole u Čakovcu podijeljena je na šest manjih: južni dio grada dobio je još jednu franjevačku župu sv. Antuna Padovanskog, a utemeljene su i župe u Ivanovcu, Pribislavcu, Šenkovcu i Mačkovcu, koje vode dijecezanski svećenici. Koprivnica je 2000. godine dobila dvije nove župe, i to župu bl. Alojzija Stepinca, te župu bl. Majke Terezije u Starigradu.

Zaštitnikom Varaždinske biskupije izabran je 18. lipnja 2001. godine na sjednici biskupijskog Prezbiterskog vijeća sveti Marko Križevčanin, hrvatski svetac, koji se slavi 7. rujna. Svećenici, redovnici, redovnice i vjernici biskupije okupljaju se od te godine na blagdan sv. Marka Križevčanina, biskupijskog zaštitnika, na misnom slavlju u katedrali. Suzaštitnikom Varaždinske biskupije imenovan je blaženi Alojzije Stepinac, zagrebački nadbiskup i kardinal koji je nepravedno nakon montiranog sudskog procesa bio zatočen u zatvoru u Lepoglavi. Blaženiku i mučeniku Alojziju Stepincu posvećene su dvije nove župe - uz onu u Koprivnici, i župa u Ivanovcu u Međimurju.

Proslave blagdana biskupijskih zaštitnika u varaždinskoj katedrali osobito su svečane, a liturgijsko pjevanje predvode katedralni zborovi. Varaždinska katedrala ima čak tri zbora. Najstariji je katedralni zbor “Chorus liturgicus” kojeg vodi Višeslav Jaklin, a kao crkveni zbor djeluje od 1987. godine. Mo Anđelko Igrec vodi katedralni zbor “Chorus angelicus”, a Edi Vugrinec zbor zajednice mladih varaždinske katedrale i biskupijski zbor mladih.